Wie läuft das zweistufige Verfahren ab?

In der ersten Stufe beantragen Sie bei der BSFZ eine Bescheinigung für Ihr Forschungsvorhaben (§ 6 FZulG). Der Antrag läuft vollständig digital über das Webportal der BSFZ, ist kostenlos und kann jederzeit gestellt werden, vor, während oder nach Durchführung des Vorhabens (§ 3 Abs. 2 FZulBV). Mehrere Forschungsvorhaben lassen sich in einem Antrag bündeln. Die BSFZ soll innerhalb von drei Monaten nach Vorlage vollständiger Unterlagen entscheiden und übermittelt die Bescheinigung direkt an Ihr Finanzamt (§ 5 Abs. 3 FZulBV).

In der zweiten Stufe stellen Sie den eigentlichen Antrag auf Forschungszulage beim zuständigen Finanzamt, und zwar nach Ablauf des Wirtschaftsjahres, in dem die förderfähigen Aufwendungen entstanden sind (§ 5 Abs. 1 FZulG). Dieser Antrag läuft über Mein ELSTER. Bei mehrjährigen Vorhaben stellen Sie ihn für jedes Wirtschaftsjahr erneut. Das Finanzamt setzt die Zulage anschließend in einem Bescheid fest.

Die Reihenfolge ist zwingend. Ohne BSFZ-Bescheinigung kann das Finanzamt die Zulage nicht festsetzen, weil die Bescheinigung die Grundlage des Festsetzungsverfahrens bildet.

Wer prüft was bei BSFZ und Finanzamt?

Die beiden Stellen prüfen unterschiedliche Dinge. Die BSFZ entscheidet allein über das Ob: Liegt überhaupt ein begünstigtes Forschungs- und Entwicklungsvorhaben im Sinne des § 2 FZulG vor? Ihre Bescheinigung ist ein Grundlagenbescheid und bindet das Finanzamt insoweit (§ 171 Abs. 10 AO). Stellt die BSFZ den Forschungscharakter fest, kann das Finanzamt ihn nicht mehr in Frage stellen.

Über die Höhe entscheidet dagegen das Finanzamt. Die Bindungswirkung der Bescheinigung erstreckt sich ausdrücklich nicht auf den Umfang der förderfähigen Aufwendungen. Das Finanzamt prüft die Zahlen eigenständig: die Bruttolöhne der beteiligten Mitarbeiter, die Stundennachweise, die Verträge bei Auftragsforschung, die korrekte Bemessungsgrundlage und die Obergrenzen. Erst danach steht der konkrete Zulagenbetrag fest.

Die festgesetzte Zulage wird auf Ihre nächste Ertragsteuer angerechnet. Reicht die Steuerschuld nicht aus, etwa bei einem jungen Unternehmen mit Anlaufverlusten, wird der Überhang als Erstattung ausgezahlt (§ 10 FZulG). Die Forschungszulage ist damit auch ohne Gewinn unmittelbar liquiditätswirksam.

Bis wann lässt sich die Forschungszulage beantragen?

Maßgeblich ist die steuerliche Festsetzungsfrist von vier Jahren nach Ablauf des Jahres, in dem die förderfähigen Aufwendungen entstanden sind (§ 169 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 AO). Für Aufwendungen, die im Wirtschaftsjahr 2026 entstehen, läuft die Frist also bis Ende 2030.

Der BSFZ-Antrag selbst hat zwar keine eigene gesetzliche Frist. Er muss aber so rechtzeitig gestellt werden, dass der anschließende Antrag auf Forschungszulage beim Finanzamt noch innerhalb dieser vier Jahre möglich ist. Da die Bescheinigung Voraussetzung für den Finanzamtsantrag ist und ihre Erteilung Zeit braucht, sollten Sie die BSFZ-Stufe nicht bis kurz vor Fristende aufschieben.

Warum funktioniert der Antrag auch rückwirkend?

Die Forschungszulage ist ein steuerliches Instrument mit nachgelagertem Antrag. Sie beantragen sie nicht vorab und berichten dann über die Verwendung, sondern Sie machen tatsächlich angefallene Aufwendungen im Nachhinein geltend. Genau das ist der Unterschied zu klassischen Zuschussprogrammen, bei denen ein Antrag vor Vorhabenbeginn über die Förderung entscheidet.

Die einzige zeitliche Schranke betrifft den Vorhabenbeginn selbst: Gefördert werden nur Vorhaben, mit deren Arbeiten nach dem 1. Januar 2020 begonnen wurde oder für die der Auftrag nach diesem Datum erteilt wurde (§ 8 FZulG). Beihilferechtlich ist das abgesichert, weil das FZulG auf die Allgemeine Gruppenfreistellungsverordnung der EU verweist und deren Vorgaben einhält (§ 9 FZulG).

Für die Praxis heißt das: Ein Unternehmen, das seit zwei Jahren entwickelt und erst jetzt von der Forschungszulage erfährt, ist nicht zu spät. Solange die Festsetzungsfrist läuft, lassen sich die Aufwendungen der zurückliegenden Wirtschaftsjahre nachträglich geltend machen.

Welche Nachweise müssen Sie führen?

Der Knackpunkt liegt bei der zweiten Stufe, also bei den Zahlen. Für jeden am Vorhaben beteiligten Arbeitnehmer brauchen Sie die Lohnkonten und individuelle Arbeitsaufzeichnungen, die die tatsächlich geleisteten Forschungsstunden je Vorhaben belegen. Schon im BSFZ-Antrag ist ein tabellarischer Arbeitsplan vorgeschrieben. Wer Abschreibungen auf bewegliche Wirtschaftsgüter geltend macht, muss die Erforderlichkeit jedes Wirtschaftsguts für das Vorhaben begründen; die BSFZ stellt das gesondert fest (§ 6 Abs. 3 FZulG).

Hinzu kommen die beihilferechtlichen Angaben, die der Finanzamtsantrag enthalten muss (§ 9 Abs. 4 FZulG). Dazu zählt die Erklärung, dass kein Unternehmen in Schwierigkeiten vorliegt und keine offene Rückforderung aus einem früheren EU-Beihilfebeschluss besteht. Die Unterlagen sind zehn Jahre aufzubewahren (Art. 12 AGVO).

Erfahrungsgemäß entscheidet die Stundenerfassung über den Erfolg. Wer sie von Beginn an sauber je Mitarbeiter und Vorhaben führt, hat im Festsetzungsverfahren belastbare Zahlen. Eine nachträgliche Rekonstruktion über Monate hinweg ist dagegen angreifbar und kostet bei einer Prüfung schnell Teile der Bemessungsgrundlage.

Häufige Fehler

Der Antrag wird direkt beim Finanzamt gestellt, ohne dass zuvor die BSFZ-Bescheinigung vorliegt. Die Reihenfolge ist zwingend: erst BSFZ (§ 6 FZulG), dann Finanzamt (§ 5 FZulG).

Es wird angenommen, die BSFZ-Bescheinigung sichere auch die Höhe. Sie bindet nur dem Grunde nach; die Aufwendungen prüft das Finanzamt eigenständig.

Die Festsetzungsfrist von vier Jahren verstreicht ungenutzt (§ 169 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 AO).

Stundennachweise fehlen oder werden erst nachträglich erstellt. Das schwächt die Bemessungsgrundlage in der Prüfung.

Es wird geglaubt, man müsse vor Projektbeginn beantragen. Das Antragsregime ist nachgelagert; die einzige Beginn-Schranke ist § 8 FZulG.

FAQ

Muss ich vor dem Projektbeginn einen Antrag stellen?

Nein. Die Forschungszulage wird nachträglich beantragt. Begünstigt sind Vorhaben, die nach dem 1. Januar 2020 begonnen wurden (§ 8 FZulG).

Kann ich mehrere Projekte in einem BSFZ-Antrag bündeln?

Ja. Ein BSFZ-Antrag kann mehrere Forschungsvorhaben umfassen; die Bescheinigung stellt das Ergebnis für jedes Vorhaben gesondert fest.

Wie lange dauert die Prüfung bei der BSFZ?

Die Bescheinigung soll innerhalb von drei Monaten nach Vorlage vollständiger Unterlagen erteilt werden (§ 5 Abs. 3 FZulBV).

Was kostet der BSFZ-Antrag?

Nichts. Die Antragstellung bei der BSFZ ist kostenfrei.

Bekomme ich die Zulage auch ausgezahlt, wenn ich keine Steuern zahle?

Ja. Die festgesetzte Zulage wird auf die Ertragsteuer angerechnet; ein verbleibender Überhang wird erstattet (§ 10 FZulG). Das gilt auch in der Verlustphase.

Wie weit kann ich rückwirkend beantragen?

Bis zum Ablauf der vierjährigen Festsetzungsfrist nach dem Jahr der Aufwandsentstehung (§ 169 Abs. 2 Satz 1 Nr. 2 AO).

Rechtsstand: Juni 2026

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Autoren: Prof. Dr. Manzur Esskandari, Rechtsanwalt und Fachanwalt für Steuerrecht, Honorarprofessor an der Universität des Saarlandes, Lehrbeauftragter der Hochschule Osnabrück — Dr. Daniela Bick, LL.M. (Taxation), Rechtsanwältin und Fachanwältin für Steuerrecht, Lehrbeauftragte der Hochschule Osnabrück — REB Steuerberatung GbR, Osnabrück